除塵器隨著過濾的不斷進行，除塵布袋外壁積攢的粉塵將越來越厚，相應的煙氣流動阻力也越來越大，過大的煙氣流通阻力一方面增加引風機的電能消耗，同時也不利于鍋爐運行，這時就需要清除一部分多余的粉塵，為此，布袋除塵器專門的空氣清灰系統。當系統探知煙氣流動阻力達到一定數值的時候，壓縮空氣由氣源依次經氣包、脈沖閥、噴吹管上的噴嘴以極短的時間(0.065 ~ 0.085秒)向除塵布袋內噴射。壓縮空氣在袋內高速膨脹，使除塵布袋產生高頻振動變形，再加上逆氣流的作用，使除塵布袋外側所附粉塵脫落。
　　深層過濾時，塵膜粉塵在濾布上的附著力是非常強的，當過濾速度為0.28m/s時直徑為1 0m的粉塵粒子在濾料上的附著力可以達到粒子自重的1000倍，5m的粉塵粒子在除塵布袋上的附著力可以達到粒子自重的4000余倍，所以在除塵器濾袋清灰之后，塵膜多少會繼續存在。如果單純考慮粉塵層的過濾效果，似乎粉塵層越厚越好，但粉塵層繼續加厚時，一方面會使煙氣流動阻力過高;另一方面會導致粉塵層的成塊斑落，從而導致粉塵層間的"漏氣現象，反而大大降低捕集粉塵的效果。清灰過程中，如何盡量使一次粉塵層保留，而又能清除二次粉塵層，在除塵效果和煙道流通阻力之間尋求最佳工作點，這個問題需要有經驗的設計和制造廠來處理。
　　除塵器底部布置有落灰斗，灰斗中的粉塵定時或連續由螺旋輸送機及星型卸料器卸出。

　　清灰過程均由除塵器清灰控制器進行自動控制，分為差壓和定時兩種，用戶可根據情況自行選擇。另外還有振動濾袋法、反吹風法、脈沖噴氣法、聲波清灰法，由于這些方法都存在一些缺憾， 目前已經很少使用。